新疆维吾尔自治区监狱管理局是全区监狱工作的领导机关，负责对全区（新疆生产建设兵团除外）判处徒刑罪犯执行惩罚和改造，新疆监狱工作经历了曲折的发展过程。1950年3月，人民政府接管监狱，监狱由高级人民法院和各地区人民法院直接领导和管理；1950年11月，根据中共中央决定和司法部、公安部关于监狱、看守所、劳改队移交给公安部门管辖的通知精神，新疆监狱、看守所的管理及罪犯的改造工作统一由法院移交公安机关；1956年2月，根据自治区党委决定，公安厅管理的6个农场和1个工程队移交生产建设兵团管理；1967年3月8日，新疆军区发布命令，对自治区公安厅所属劳改单位实行军事管制；1973年3月，根据中共中央关于“要恢复和整顿劳改农场”的指示，将原移交给生产建设兵团管理的19个押犯单位重新回归自治区公安厅劳改局管理；1983年5月，中央决定监狱、劳改、劳教的管理工作由公安部移交司法部管理，全疆劳改单位整建制地移交自治区司法厅领导和管理；1994年12月，《监狱法》颁布实施，监狱、劳改队统称为监狱。
职能：
（一）管理自治区监狱执行刑罚、改造罪犯的工作。　
（二）贯彻《监狱法》、《警察法》和有关监狱工作的方针、政策，研究制订自治区监狱工作的管理办法和具体措施。
（三）负责对自治区犯人的收押及调配。
（四）负责自治区狱政管理、狱内案件的侦查、罪犯的生活卫生和供给保障。
（五）负责监督管理自治区监狱对罪犯的劳动改造、教育改造。
（六）组织管理自治区监狱的经济工作和安全生产工作。
（七）负责管理局机关、自治区属监狱的行政事业经费和狱政设施。
（八）组织推动有关监狱工作的科学技术研究、科技成果的推广应用和普及。　
（九）统一管理自治区属监狱的机构编制和劳动工资。
（十）负责管理、指导监狱系统的警校、干校、党校、子弟学校。　
（十一）负责监狱系统人民警察的教育管理，以及职工队伍建设和思想政治工作。
（十二）负责管理自治区监狱工作统计和信息工作。　
（十三）负责协调监狱与公安、检察、法院、武警部队在刑罚执行过程中的关系。
（十四）完成上级交办的其他工作。

新疆维吾尔自治区监狱管理局

新疆维吾尔自治区第一监狱 新疆维吾尔自治区第二监狱 
新疆维吾尔自治区第三监狱 新疆维吾尔自治区第四监狱 
新疆维吾尔自治区卡尔墩监狱 新疆维吾尔自治区塔里木监狱 
新疆维吾尔自治区福海监狱 新疆维吾尔自治区干雄布拉监狱 
新疆维吾尔自治区芦草沟监狱 新疆维吾尔自治区牌楼监狱 
新疆维吾尔自治区拜城监狱支队 新疆维吾尔自治区布雅监狱 
新疆维吾尔自治区哈拉布拉监狱 新疆维吾尔自治区下巴湖监狱 
新疆维吾尔自治区焉耆监狱 新疆维吾尔自治区哈里胡其监狱 
新疆维吾尔自治区库车监狱 新疆维吾尔自治区于田监狱 
新疆维吾尔自治区克拉克勤监狱 新疆维吾尔自治区东戈壁监狱 
新疆维吾尔自治区乌鲁木齐少年管教所 新疆维吾尔自治区喀什少年管教所 
新疆维吾尔自治区伊梨少年管教所